1968-1979 yılları arasında; Orta Doğu Teknik Üniversitesi'nde bölüm başkanlığı, rektör yardımcılığı ve rektör vekilliği görevlerinde bulunmuştur. Yine aynı yıllarda senato üyeliği (ADMMA), Türkiye Atom Enerji Komisyonu 7. Dönem üyeliği, Atom enerjisi konusunda bakan danışmanlığı ve Töre-Devlet Yayınevi yöneticiliği yapmıştır. 1981-1987 yılları arasında, Suudi Arabistan'da bulunan University of Petroleum and Minerals'da akademik ve idari görevler, bilgisayar destekli öğretim koordinatörü, yeni öğretim üyesi seçimi ve terfi komitesi üyeliği yapmıştır.
1987 yılından itibaren sağlık, bilişim ve eğitim sektörlerinde çeşitli firmalarda üst düzey yöneticilik, çeşitli şirketlerde yönetim kurulu üyeliği, genel müdürlük ve holding genel koordinatörlüğü yaptı. 2012 yılında Gazi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümünden emekli oldu.
Otuzun üstünde bilimsel yayını ve yedi yüzün üzerinde atfı bulunan Öksüz, KÜBİTEM kuruculuğu, Türk Ocağı Hars Heyeti ve Yönetim Kurulu üyeliği yaptı.
Töre, Devlet, Bozkurt, Türk Yurdu dergilerinde makale ve başka yazıları yayımlandı. Üniversiteler de dâhil olmak üzere çeşitli platformlarda konferans, söyleşi ve röportajlarda bulundu. Ayrıca Son Havadis, Yeni Ufuk ve Ayyıldız gazetelerinde köşe yazarlığı yaptı. Karar gazetesinde köşe yazarlığına devam etmektedir.
İskender Öksüz, 5 Mayıs 2021 tarihinde vefat eden ünlü romancı Emine Işınsu ile evliydi.
Prof. Dr. İskender Öksüz Millî Düşünce Merkezi Yönetim Kurulu üyesidir ve merkezin internet sitesinde 750'den fazla yazısı bulunmaktadır.
Eserleri:
Millet ve Milliyetçilik
Bilim, Din ve Türkçülük
Alt Akıl: Aptallar ve Diktatörler
Türk Milliyetçiliği Fikir Sistemi
Türk'üm Özür Dilerim
Niçin Geri Kaldık?
Çin Dünyayı Ele Mi Geçiriyor? (Konuralp Ercilasun ile birlikte)