Denizli'de 1992 yılında kurulan bünyesindeki 15 fakülte, 12 meslek yüksekokulu, 3 yüksekokul ve 5 enstitü ile eğitim veren Pamukkale Üniversitesi, Türkiye'nin ilk Arkeoloji Enstitüsü'nün bünyesinde kurulmasının ardından ülkenin ilk İslami İlimler Enstitüsü'nün kurulduğu üniversite oldu. Pamukkale Üniversitesi'nin Milli Eğitim Bakanlığı'na yaptığı başvuru uygun görüldü ve Pamukkale Üniversitesi İslami İlimler Enstitüsü kurulması teklifi Bakanlar Kurulu'na sunuldu. Bakanlar Kurulu'nun 29 Şubat'taki toplantıda aldığı karar Resmi Gazete'nin 18 Mart tarihli sayısında yayınlanarak karar resmen yürürlüğe girdi. Kararla Pamukkale Üniversitesi'nde İslami İlimler Enstitüsü kurulacak ve enstitü Rektörlük bünyesinde eğitim verecek. Enstitüde İlahiyat Fakülteleri'nde lisans eğitimini tamamlayanlar, yüksek lisans ve doktora yapma olanağı bulacak. Ayrıca enstitü İslami ilimlerle ilgili araştırmalar da yapacak.